♦ Les mutations génétiques :
Les plantes génétiquement modifiées pour s'auto protéger contre un insecte, par exemple, pourraient susciter l'apparition d'insectes résistants à ces plantes transgéniques, à la suite d'une mutation génétique « naturelle » chez ces derniers.
♦ Les effets non désirés :
Les Plantes Génétiquement Modifiées (PGM) en vue de leur donner une résistance naturelle à un insecte peuvent affecter des insectes non visés par la modification de la plante. C'est le cas par exemple pour les abeilles et le monarque qui, bien que non indésirables, sont éliminés par certaines plantes génétiquement modifiées.
♦ L'éventuel impact sur les insectes « non cibles » :
Des insectes utiles comme les abeilles, risquent d'être affectés par le développement des plantes transgéniques. On parle alors d'effet sur les insectes « non cibles », c'est-à-dire sur ceux qui ne sont pas visés par la modification génétique, mais sur qui la plante transgénique pourrait néanmoins influer le changement de métabolisme de la plante.
► Les OGM sont des risques pour la santé:
♦ Les allergies : 
Tout OGM est potentiellement allergisant car il n'est pas reconnu par l'organisme qui le reçoit, que ce soit par voie digestive ou par voie aérienne. Les expériences ont montré le pouvoir allergisant du « soja à la noix » : la noix de Brésil est un aliment reconnu pour provoquer des allergies chez certains individus.
♦ Les intoxications :
Aucune preuve expérimentale n'a permis d'éliminer les risques potentiels des molécules insecticides fabriquées par les plantes transgéniques. Ces substances peuvent être toxiques pour le foie, les reins, le cerveau.
♦Les résistances aux antibiotiques :
Comme nous l’avons vu précédemment, les chercheurs intègrent souvent un gène de résistance à un antibiotique en même temps que le transgène à la cellule qu’ils veulent modifier.
♦ Le développement de la résistance aux antibiotiques :
il doit être envisagé comme une fatalité car si le corps où les OGM sont intégrés devient résistant aux antibiotiques, la lutte contre certaines maladies deviendrait impossible.
► Les OGM, une cause de la dépendance agricole:
♦ La puissance des grandes firmes :
Les grandes firmes de l'agrochimie, de la transformation et de la distribution agricole (Monsanto, Bayer CropScience, Syngenta, DuPont…), jouent un rôle de plus en plus important dans le contrôle et l’orientation de l'évolution du secteur agro-alimentaire dans les pays où les OGM sont cultivés sur des surfaces importantes (États-Unis et Argentine par exemple).
La capacité de développer et d’introduire les biotechnologies étant quasi exclusivement sous le contrôle d’une douzaine de grandes firmes agrochimiques privées, le recours aux OGM ne ferait que les enrichir.
♦ Une liberté limitée :
De plus, ces firmes multinationales privées comme Monsanto établissent des contrats avec les agriculteurs obligeant le rachat de graines chaques années.
En outre, pour les variétés transgéniques résistantes aux herbicides, l’agriculteur, en achetant les semences doit aussi acheter l’herbicide à la même entreprise, d’où une perte de liberté.
⇒ Si nous envisageons l'hypothèse des OGM pour nourrir le monde, nous pouvons nous poser la question du risque de l'augmentation de la dependance des pays du Sud aux pays industrialisés.